La ricerca di un'ape regina, in un alveare vigoroso, ha sempre creato per l'apicoltore professionista e per il principiante un impegno ed una perdita di tempo prezioso. Per facilitarne l'individuazione gli allevatori d'api regine sono ricorsi alla marcatura, imprimendo sul torace della regina una goccia di vernice indelebile di colore vivace o dischetti con appositi adesivi, al fine di poterla identificare sul favo dalle altre api con più facilità e rapidità.
La marcatura può essere fatta in qualsiasi momento della stagione apistica, esclusa nel periodo invernale quando la temperatura è troppa bassa e le api sono in glomere, è preferibile marcare la regina, appena sia stata fecondata nel nucleo di fecondazione, all'inizio della primavera o in autunno (quando le famiglie sono meno numerose).
Una volta marcata la regina, bisogna aspettare qualche minuto, prima di reintrodurla nell'alveare, affinché la vernice sia perfettamente asciutta e non vi siano odori estranei, perché si rischierebbe di far aggomitolare la regina.
Con la marcatura si riesce a conoscere in ogni momento l'età della regina, ma non la sua prolificità e a renderla più visibile sui favi quando la famiglia è forte.
Il metodo sembra che sia diventato di moda e nessun apicoltore secondo certe teorie dovrebbero sottrarsi.
Vi sono due modi per marcare la regina, il metodo diretto e quello indiretto.
Il metodo di marcatura diretto è adatto a chi a molta esperienza con le api, si prende la regina direttamente dal favo, con le mani, trattenendo il torace fra il pollice e l'indice è imprimendo sul torace, con una capocchia di spillo, una minuscola goccia di vernice colorata ad asciugatura rapida.
Il metodo di marcatura indiretto è adatto quando la regina è agitata e non si ha una notevole esperienza con le api, in questo caso è necessaria immobilizzarla sul favo con appositi attrezzi, che permettono di bloccare la regina, per marcarla, si trovano presso i rivenditori di materiale apistico. Vi sono attrezzi, tipo forcella, che blocca la regina sul favo mediante un elastico che s'interpone tra il propodèo e il gastro all'altezza del pezìolo, ma presenta il rischio che la troppa pressione esercitata lascia la regina dopo marcata in uno stato fisico non ideale, si trovano in commercio tubicini coperti da una rete di plastica che si appoggiano sull'ape regina per immobilizzarla sul favo, o anche tubicini più raffinati costituiti da un tubo chiuso all'estremità con una rete e forniti di un pistoncino a spugna morbida all'interno, per immobilizzare la regina che è marcata attraverso le maglie della rete, quest' ultimi due attrezzi sono preferibili al primo perché bloccano la regina in modo uniforme.
A seguito d'accordi internazionali, le api regine, sono marcate annualmente con una serie periodica di cinque colori diversi.
Sono stati scelti cinque colori, in funzione del loro nome in ordine alfabetico, si attribuisce sempre agli anni che terminano per zero o per cinque il colore azzurro e a tutti gli altri la tinta che segue rispettando l'ordine alfabetico
Ecco un esempio visivo, dei colori utilizzati, in funzione dell'anno.